Века назад водяное существо охраняло семь изумрудов Хаоса, паривших над планетой. Эти изумруды были неисчерпаемым источником энергии, дающей абсолютную власть тому, кто владел ими. Однако власть портит и развращает смертных. Прошло немного времени, и начались войны за контроль над изумрудами, а, следовательно, и за абсолютную власть. Племя ехидн, предков Наклза, создали единый Мастер Изумруд, способный сдерживать силу изумрудов Хаоса. Вместе с Мастер Изумрудом пришёл и дух-защитник. Говорили, что враждебное племя уничтожило святилище и попыталось украсть Мастер Изумруд, разозлив его хранителя. Всё племя было уничтожено в одну ночь, а дух исчез бесследно. Позже его назвали Хаосом, Богом разрушения, имя которого было позаимствовано у изумрудов Хаоса.

В наши дни Доктор Эггман узнаёт об этой легенде. Считая её правдой, он находит Мастер Изумруд и разрушает его, высвобождая Хаоса. Цель Эггмана — подчинить себе Хаоса и использовать его разрушительную силу, чтобы собрать изумруды и захватить город. Для помощи Хаосу Эггман создаёт E-серию роботов — группу роботов, питающихся от энергии помещённых внутрь животных.

Когда Соник узнаёт о планах Эггмана, он и все его друзья вступают в борьбу за изумруды Хаоса.